Sergey1978
сделать это надо не правкой html файла, а правкой файла Python.

Это мне напомнило мультфильм “Крылья, ноги, хвосты”: “Лучше полдня потратить, потом за полчаса долететь”. Ваша ситуация выглядит похоже. Можно час потратить на правку файла html, а можно неделю потратить на создание программы, чтобы потом за секунду сгенерировать нужный файл html.

Sergey1978
нужно, чтобы ссылки на флаги открывались, а не путь к ним

Что-то я сегодня плохо понимаю русский язык. Ссылка на файл содержит в себе путь к файлу. Как понимать, что нужно открыть ссылку, а не путь? Может быть, всё же надо по ссылке открыть файл изображения? Так для этого, как я уже говорил, ссылку на картинку в файле html надо обернуть в тег <img src = …>. Не хотите этого делать в ручную - научите вашу программу выводить в файл вместо строк типа
строки типа
А потом об,ясните чем вам не нравится как открываются изображения и мы продолжим обсуждать html. С Пайтоном вы и сами справляетесь.

Задача поставлена, чтобы программа на Python формировала html.
Может найдутся здесь знатоки Folium, чтобы подсказать как правильно указать параметр Popup в folium.features.GeoJson ?

Sergey1978
как правильно указать параметр Popup в folium.features.GeoJson ?

А как вы “В скачанный GeoJson с контурами стран добавил путь к флагу для каждой страны (поле URL)”? Почему бы не добавить путь, уже обёрнутый в правильный тег html?
И будет ваш html показывать хоть флаг чукотки, хоть какой хотите.

Sergey1978
Но мне нужно, чтобы ссылки на флаги открывались

Могу тебе посоветовать сделать в отдельной папке новый проект и в нём попробовать запустить код, но не этот, а более упрощённый, сделанный из этого примера. Так ты узнаешь, где ошибка в коде, если будешь его постепенно строить по маленьким кусочкам и запускать каждый раз. Такой вид отладки. Сделай HTML-файл попроще и полегче, чтобы всё пронаблюдать в нём постепенно и не грузить его каждый раз.