Wild Pointer
И что в итоге? Как правильно работать?
Вот варианты:
1) http://localhost:88/mysite/manage
2) http://localhost:8888/mysite/manage
3) http://localhost:88/manage - выбрав в дереве mysite.
4) http://localhost:8888/manage - выбрав в дереве mysite.
Куча способов, но какой правильный?
Если у меня такие проблемы со сменой логотипа, то боюсь представить, что дальше будет.
Такая “гибкость” - нам не нужна! ;)

Изначально, в вин-плоне стояли порты 8080 и 80, и только для того, что-бы можно было по адресу http://localhost сразу увидеть плоне-сайт. И все, т.е. это просто “примочка” для “удобства”. Поэтому, смена портов на 88 и 8888 - бессмысленна, а если уже есть “что-то” на 80-ом порту - то в конфиге зопы можно просто убрать эту секцию и пользоваться http://localhost:8080

а по поводу возможных ошибок с вашими портами:
в плоне, на 80-й порт “замкнут” плон-сайт с id Plone, т.е. адреса http://localhost == http://localhost:8080/Plone,
в вашем варианте: http://localhost:88 == http://localhost:8888/Plone и http://localhost:88/mysite == http://localhost:8888/Plone/mysite, а т.к. плоне-сайт “mysite” - это не чилдрен для “Plone” - и происходят нестыковки.

Как уже сказали, в “боевых” условиях не бывает несколько портов на один инстанс зопы.

вот, это чисто ИМХО…