Нет. Когда Вы делаете init, то создаются папки и файлы для alembic.
Вам нужно поправить файл alembic.ini. Вас интересует вот эта вот строка (что с ней делать, догадаетесь сами)
sqlalchemy.url = driver://user:pass@localhost/dbname
И в файле your_alembic_name/env.py поправить
#
# add your model's MetaData object here
# for 'autogenerate' support
# from myapp import mymodel
# target_metadata = mymodel.Base.metadata
target_metadata = None
на что-то типа
#
from myapp.mymodel import Base
target_metadata = Base.metadata
Фактически во втором файле Вам нужно прописать путь к метадате Ваших моделей.
И можно смело делать все, что Вашей душе угодно…