axe если задача позволяет, можно заменить потоки процессами (заюзать например processing или более кашерный бакпорт с py3k multiprocessing). После создания процесса у него можно будет брать pid и ОС зависимами методами менять приоритет. Насколько я понимаю GIL в таком случае отдыхает:)

Андрей Светлов
Хотел было уже лезть смотреть документацию по pthread

pthread = POSIX thread? (т.е. просто модуль thread ?)

POSIX. Но, повторяю, идея устанавливать приоритеты потоков для Питона кажется неправильной.