SeregaGomen
Как без копирования массивов ….. Как это сделать изящно?

Тут много уже сказали дошли уже до numpy. добавлю свою каплю.

Изящный способ удаления элементов из массивов заключается в том чтобы не пользоваться массивами.
Массив это штука лежащая подряд в памяти, причем порядок считается существенным. Надо либо сдвигать элементы, либо отказаться от порядка и например в дырку записывать последний элемент массива одновременно укорачивая массив, либо, если порядок важен, завести маску которая подтверждает наличие элемента.

Если порядок не важен то использование set вместо list скорее всего ускорит удаление элементов.

Спасибо, коллеги!
Попробую и с numpy. А затем сравню скорости выполнения…