maxo127% здесь абсолютно не причем, у Вас банальная синтаксическая ошибка. Если Вы приглядитесь, то заметите, что у Вас написано
И как назло во всей сети нет обяснение ошибли %; есть for +, =, /, * и хз что, а про % - ни заикания :(
out_file.write('...') % '...'
out_file.write('"INSERT INTO balance(id,pir_n,saxeli,gvari,misamarti,davalianeba,tarigi) VALUES (\'%s\')";\n' % "','".join(line.split(',')))