Есть класс class Enemy(), создаётся экземпляр Rat = Enemy(), затем в процессе выполнения функций переменные экземпляра меняются, кол-во жизни и т.д. Как лучше после завершения работы функции вернуть его в изначальное состояние?

А чем вам не нравится Rat = Enemy() Это и есть самое изначальное состояние.

Мне нужно вернуть значения переменных, которые были до выполнения функции функции. Я спрашиваю как лучше это сделать, как-то сохранить все переменные до функции и потом востановить или пересоздать экземпляр после выполнения или ещё что-то?

Сделай у него метод .clear().