Papa_Svin
SergeyChmutovЯ может чего-то не понимаю, но у вас в INSTALLED_APPS нет ни main_app ни shop, зато есть store

Я так понимаю mainapp нет необходимости туда добавлять? Или как раз необходимо добавить приложение в котором есть models.py? shop это я с нуля создал проект, думал проблема может быть в том что проект был создан на Django 1.9 а использую Django 2.1

VadimK
Надо инициировать сначала структуру

Возвращает так же сообщение о том, что отсутствуют изменения, но уже указывает конкретно приложение

Papa_Svin
Я может чего-то не понимаю, но у вас в INSTALLED_APPS нет ни main_app ни shop, зато есть store

Вот, оказывает необходимо INSTSLLED_APPS указывать именно то приложение, где прописываются модели. Добавил его и проблема решилась. Спасибо огромное за помощь.