Для каждого столбца найти номер первой пары одинаковых элементов. Данные записать в новый массив.

Это цикл в цикл вкладываешь. Внешний цикл перебирает номера столбцов. Внутренний цикл для текущего номера столбца перебирает элементы в этом столбце.