Пишу сервер с помощью XML RPC и GUI к нему в виде иконки в трей на PyQt. Сервер и трей работают. Сервер запущен в отдельном потоке в качестве демона. Проблема банальна: при выключении сервера методом shutdown() трей работает, а когда снова запускаешь сервер serve_forever(), то его поток перекрывает поток QApplication и трей не реагирует на нажатия. Есть ли способ заставить их работать вместе?

Amberize
а когда снова запускаешь сервер serve_forever()

Т.е. изначально сервер работал в своём потоке, а Вы его потом перезапускаете, но уже в главном потоке? Если да, то это всё объясняет - убедитесь, что сервер во второй раз запущен в отдельном потоке, чтобы не блокировать GUI.