Лично я тоже использую Notepad++ но со скриптами несколько по другому -
Запускает вот такой reg-файлик и окно интерпретатора не исчезает после завершения работы скрипта.
А py как exe у меня стали запускаться сразу после установки версии 2.7 .
Windows Registry Editor Version 5.00
[HKEY_CLASSES_ROOT\Python.File\shell\open\command]
@="cmd /k \"\"C:\\Python27\\python.exe\" \"%1\" %*\""