Ну, не забываем, не документом единым жив коуч (да и не только коуч). Можно за основу взять дерево сохранённое в любой предопределённой структуре, которую удобно поддерживать и при этом строить индексы под те выборки, которые мы хотим выполнять.
Вариант со списочным хранилищем дерева можно было бы разнести и по документам.
Плюс хранения одним документом: псевдотранзакции коуча позволяющие контролировать согласованность изменений.
Несомненный минус (особенно раздражающий при больших деревьях) - перестроение всего индекса при малейшем изменении дерева вместо обновления изменившегося фрагмента. Впрочем, при перемещении веток или изменении структуры возле “корня” будет перестроена большая часть индекса независимо от способа хранения.