Привет!

Хотелось бы получить небольшую консультацию по проге, написанной и работающие из под Pyton окружения

Вот например- нужно по работе разобраться с этой прогой http://www.csb.pitt.edu/prody/index.html

хотелось бы просто в двух словах получить представление о принципе работы с такими приложениями, поскольку ранее с таким не сталкивался, а очень глубоко копать по всяким иностранным мануалам время не позволяет.

Вообщем, вроде все установил следуя инструкциям с сайта, теперь просто тривиальные вопросы-
все это должно работать именно из ком. строки Python? т.е запускаю Python.exe открываю мануал уже моей проги ищу нужные команды, вставляю их в ком строку и все ? или есть какие-то особенности ?

например я пробовал делать что-то по вышеописанному плану следуя манулу
http://www.csb.pitt.edu/ProDy/tutorial.html
и получал из самого питона -некоторые ошибки, ну например

Код
>>> prot = parsePDB('1p38')
Traceback (most recent call last):
File “<stdin>”, line 1, in <module>
NameError: name ‘parsePDB’ is not defined


из этого следует что он не знает что такое parsePDB.

может нужно при старте питона как-то запустить сначала нужную прогу а потом уже долбить команды ?



заранее спасибо за консультацию ))

Сначала from prody import * а затем уже всё остальное.

ага спасибо

теперь оно пишет что не хватает такого- то пакета

>>> from prody import *
Traceback (most recent call last):
File “<stdin>”, line 1, in <module>
File “C:\Python27\lib\site-packages\prody\__init__.py”, line 274, in <module>
raise ImportError('numpy not found, it is a required package')
ImportError: numpy not found, it is a required package


наскока я понял есть несколько способов устаноки нужных пакетов- либо напрямую скачать откуданить или через т.н пакетный менеджер easy_install

получается последний способ предназначен для прямого доступа к нужному пакету из репазитория ?
как узнать тогда список репазиториев и как искать нужные пакеты если знаешь только название пакета

easy_install -f http://адрес репазитория.ком numpy

так?

попробуйте просто

А ещё лучше
http://www.pip-installer.org/en/latest/

обе не работают ))

In : easy_install numpy
————————————————————
File “<ipython console>”, line 1
easy_install numpy
^
SyntaxError: invalid syntax


In : pip install numpy
————————————————————
File “<ipython console>”, line 1
pip install numpy
^
SyntaxError: invalid syntax

из командой строки операционки, а не питона

подскажите плиз правильный синтаксис execfile

типа из проги нужно загружать заранее приготовленные скипты execfile('rho_xray_coors.pdb')

куда собственно кидать файл скрипта и как правильно указывать пути ?
например кидаю скрипт в C:\Python27\own\

пишу в питоне
In : execfile('C:\Python27\own\rhodopsin_pca.py')
—————————————————————————
IOError Traceback (most recent call last)

C:\Windows\system32\<ipython console> in <module>()

IOError: No such file or directory: ‘C:\\Python27\\own\rhodopsin_pca.py’

где ошибка ? )

Own
где ошибка ? )

Говорит что файла нет.
Проверьте - на месте ли он - C:\\Python27\\own\rhodopsin_pca.py
и лучше написать
C:/Python27/own/rhodopsin_pca.py

'C:\\Python27\\own\rhodopsin_pca.py'
подумаете, почему перед rhodopsin_pca.py только один ‘\’