> Можете объяснить чем exe файл плох

Тем что “явное лучше неявного”. Например никак нельзя гарантировать что в этот exe попали нужные библиотеки нужных версий.

> сегодня смог конвертировать свою программу в .exe, и все прекрасно работает

Это у тебя проект маленький. На чём то большем как правило возникают проблемы и тебе будет нужно тратить дополнительный усилия для их устранения.

> Буду значит читать про Portable Python, хотя сегодня скачал его и нечего не понял, как мне сделать исполняемый файл.

Вот тебе пример того как всё это работает. Размер примера может показаться большим, но это из за того что в нём находится не купированный PySide.
https://yadi.sk/d/ytKt529ssEA1lQ