mc-black
которые позволят “переформатировать” venv таким образом чтобы сохранить те же версии python и зависимостей, но заменить всё окружение на исполнимое в *nix-хостинге.

pip freeze > requirements.txt
pip install -r requirements.txt

freeddos я совсем забыл(поскольку очень редко пользуюсь пайчармом, и в основном пишу локально), в пайчарме есть плагины типа таких:
https://plugins.jetbrains.com/plugin/20-remotesynchronizer
https://plugins.jetbrains.com/plugin/7374-source-synchronizer
котороые, по идее, должны решить вашу проблему хотябы частично.

Правильно, только это не открытый проект, загружаться на GitHub он не будет.